Під час німецькофашистської окупації Києва у 1941–1943 роках Бабин Яр став місцем масових розстрілів окупантами мирного населення і радянських військовополонених, євреїв та циган.
Акцію знищення єврейського населення німецьке командування організувало блискавично й фундаментально. 26 вересня 1941 р. відбулася нарада, на якій розглянули заходи щодо ліквідації єврейського населення міста. Визначили місце розстрілу — Бабин Яр, один з найбільших на території Києва ярів (завдовжки — 2,5 км, завглибшки — від 10 до 50 метрів), де можна було б заховати тисячі трупів.
Прокляті фашисти за один тиждень поховали в Бабиному Яру стільки, що й на трьох кладовищах не вкладеш… Зі сторожки на кладовищі було добре видно, як людей роздягали догола, як з автоматів і кулеметів розстрілювали поставлених над прірвою, як хапали дітей за ніжки, піднімали й кидали живими в яр.
Микола Бажан, вражений трагічними подіями, виразив обурення в рядках вірша:
В землі не скрилось, тліном не взялось
Витке і ніжне золото волось,
Блищить на мокрій твані крутоярів
Розбите скло старечих окулярів,
І дотліває, кинутий набік,
Закровлений дитячий черевик.
Оскільки розстріляти всіх прибулих за одну добу не встигли, пунктами для тимчасового утримання використовували приміщення військових гаражів. На вулиці Лагерній (нині вулиця Дорогожицька) розстріляли наступного дня. За два дні 29–30 вересня 1941 р. зондеркоманда 4а під командуванням штандартенфюрера Пауля Блобеля за участі частин вермахту (6ї армії) та Київського куреня української допоміжної поліції під командуванням Петра Захвалинського розстріляли в цьому яру 33 771 особу — практично все єврейське населення Києва.
Після масових розстрілів у Києві ще залишалися тисячі євреїв, які не з’явилися на збірний пункт. Чимало з них перебували у змішаних шлюбах, і їх рятували неєврейські родичі. Хтось переховувався у сусідів, знайомих, діставши документи на інше ім’я. Чимало людей допомагали євреям. Вони ризикували своїм життям і життям своїх родин. Причому подвигом і геройством вони це не вважали, просто допомагали своїм сусідам, знайомим, близьким, а частогусто й зовсім незнайомим. І таких фактів дуже багато.
Нині Бабиного Яру фактично немає, його зрівняли із землею. Тут проклали дороги й трасу метрополітену Дорогожичі, телевежу, спорткомплекс, побудували житлові квартали, розбили парк. Лише верхів’я урочища Бабин Яр у межах вулиць Дорогожицької, Мельникова, О. Теліги та Оранжерейної залишилося незабудованим — як свідчення трагедії світового масштабу, місце історичної пам’яті.

